Trong khi có nhiều loại vi sinh khác nhau được sử dụng trong xử lý nước thải, có ba loại vi sinh nổi tiếng đóng vai trò quan trọng trong việc giữ cho nước thải sạch sẽ. Mỗi loại vi khuẩn này đều giúp quá trình điều trị theo một cách riêng để đảm bảo ít hoặc không ảnh hưởng đến môi trường Xem thêm